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前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要为水分、通气、温度光照三要素的调节，要保持适宜的温度、湿度、光照和控制通风量，温度要保持在22—26T，空气相对湿度要保持在85%—90%，初期以保温为主，白天拉开一层遮阳网，接受光照，避免日光直射，增加土壤温度，中午气温过高时，应开窗通风，喷水降温。在汉中约15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）气温上升，温差较大，白天注意降温，控制温度在22—28空气相对湿度要保持在90%—95%;晚间应放下薄膜减少温差。光照采用双层遮阳网控制，制造出闪烁型林下散射光。此阶段，菌原基生长较快，每2—3d要进行通风换气，灵芝对二氧化碳非常敏感，否则，会造成灵芝菌柄长、不开伞或畸形。在此期间要定苗修头，原基生长20d后海袋选留1株强势菌株，并对其上生长点进行修头，即修成马蹄形，利于商品外形一致，提高灵芝菌盖的商品率，一般次修完后10d，应再进行一次留株修头。
我国在先秦时代，灵芝文化就诞生了，达到辉煌的顶峰是秦汉时代，因为那个时代的统治者对成仙和长生不老疯狂追求。在此之后，又诞生了天人相互感应的理论，使之成为了祥瑞的象征，象征着上天对帝王统治的认同，以及对民众德行的一种褒奖。从史书的记载来看，大量有关灵芝的事情的描述，反映了统治者对灵芝的重视。从记载的篇幅来看，宋朝对灵芝的重视程度，明朝次之。即使灵芝有些时候预示着白事，但大众还是认为它是祥瑞的居多。伴随着进献灵芝记载的频繁出现，灵芝也成为官员升迁和争宠的工具。中国道教和灵芝文化的发展有着莫大的关系，主要是因为道教将灵芝作为仙药的一种，使各个朝代的统治者更加坚服用灵芝能够长生不老甚至是成仙得道。灵芝文化的兴起，具有美好的寓意，“芝”字也被广泛使用在了人名、地名中，“芝”字被大量使用，但是“芝”所代表的真菌不是日常认为的灵芝科真菌。总而言之，灵芝文化的产生和兴起，体现了我国古代各行各业发展的繁荣景象。
段木基质变质主要是装袋时气温较高，装袋后放置时间过长，没有及时灭菌；料袋灭菌时升温时间过长；段木基质水份含量过大，均可造成段木基质变性发酸等。塑料袋质量差塑料袋太薄（0.035mm以下），质量差,段木块毛刺多，装袋、接种及运输过程中未轻拿轻放或机械破损，致使菌袋出现孔，造成污染。 罩膜初鼓起时，未放冷气；袋破或底层袋泡水或扎口太松造成水袋；常压灭菌保持时间不够、温度不够或中间加水降至100弋以下时间太长；罩膜漏气，温度达不到要求值。接种时料温太高接种时料袋温度太高，超过菌种所能承受的温度范围，造成菌种被烫伤或烫死后不萌发并感染杂菌。培菌环境不良主要是培养室内湿度过大，通风不良，环境不洁，甚至有鼠害。个别芝农在培养室内洒水并使地面上存有积水，空气相对湿度超过70％，利于杂菌滋生。
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